La tercera frecuencia diaria desde Ciudad de Panamá a Asunción, estaría operando los lunes, miércoles, jueves y sábados, mientras que los regresos desde nuestra capital serán los martes, jueves, viernes y domingos, todas con aviones Boeing 737-800 de última generación.
La programación vigente a la fecha es como sigue:
| Vuelo | Origen | Destino | Salida | Llegada | Frecuencia |
| CM207 | Panamá | Asunción | 15:27 | 23:29 | Diario |
| CM213 | Panamá | Asunción | 15:35 | 23:37 | Lun/Mié/Jue/Sáb |
| CM291 | Panamá | Asunción | 21:10 | 05:19 + 1 | Diario |
| CM206 | Asunción | Panamá | 2:05 | 6:12 | Diario |
| CM214 | Asunción | Panamá | 2:23 | 6:30 | Mar/Jue/Vie/Dom |
| CM290 | Asunción | Panamá | 6:25 | 10:39 | Diario |
De esta manera Paraguay sacará provecho de la inmejorable ubicación del hub del aeropuerto internacional de Tocumen en Ciudad de Panamá y la importante red de rutas de Copa Airlines, desde donde sin ningún trámite engorroso y en pocos minutos se puede conectar a más de 70 destinos en casi cada rincón de América desde Canadá hasta Argentina, con una flota moderna compuesta por aeronaves Boeing 737-700/800 y Embraer E190 de última generación.
En el 2016 Copa Airlines se destacó como la segunda aerolínea más puntual del mundo, cerrando así un año lleno de logros.
