El despegue del avión matriculado como HB-IWF ocurrió sin contratiempos, alcanzando los 10.000 metros de altura mientras se dirigía hacia las costas de Nueva Escocia. Por trece minutos, entre las 20:33 y las 20:47, no se registró ninguna comunicación entre la tripulación y la torre de control. Más tarde se reveló que esto se debió a un error en la frecuencia de la radio.
A las 22:13, los pilotos olieron humo en la cabina y dedujeron que provenía del sistema de aire acondicionado, por lo que cerraron los circuitos. Cuatro minutos después el olor volvió y el humo era visible. La tripulación comunicó al control de tráfico aéreo de Moncton un Pan-pan, indicando que existía una urgencia debido a la presencia de humo pero no declararon una emergencia como denotaría el código Mayday. Entonces, aceptaron la proposición del controlador de Moncton de aterrizar en Halifax, a 104 kilómetros de distancia.
La torre de Moncton transfirió el control de la aeronave a la unidad de control de la terminal de Halifax a las 22:18. A las 22:19, la tripulación solicitó más distancia para descender desde los 6.400 metros al notificárseles que se hallaban a solo 56 kilómetros de Halifax. Dado que el avión tenía sus tanques llenos de combustible y, además, estaba demasiado alto y muy cerca del aeropuerto, la tripulación optó por descargar combustible a las 22:20. Un minuto más tarde, el controlador desvió el vuelo hacia la Bahía de Santa Margarita, en donde era más seguro descargar el combustible y a la vez mantenerse a la misma distancia de Halifax.
De acuerdo con las listas de comprobaciones de la aerolínea, la tripulación cortó la alimentación de los sistemas no esenciales de la cabina. Esto fue contraproducente, ya que al apagar los ventiladores de recirculación, se formó un vacío en el techo de la cocina de la clase ejecutiva, que permitió al fuego esparcirse por fuera de la cabina. A las 22:24, el piloto automático se desconectó y la tripulación comunicó que debía volar manualmente el avión, seguido por dos declaraciones de emergencia. Diez segundos más tarde, la tripulación declaró la emergencia por tercera vez, siendo la última transmisión procedente del MD-11. La registradora de datos de vuelo dejó de funcionar a las 22:25, seguida un segundo después por la grabadora de voz. La aeronave reapareció brevemente en el radar, entre las 22:25 y las 22:26. La última altitud registrada fue de unos 2.950 metros.
Según deriva de la grabadora de voz, el capitán se levantó de su asiento e intentó combatir el incendio con un extintor; las listas de comprobaciones serían encontradas derretidas y fusionadas entre sí, indicando que también se las habría utilizado para intentar apagar el fuego. El capitán no volvió a su asiento, y se desconoce si murió a causa del incendio, por inhalación de humo o durante el impacto. La registradora de datos, por su parte, indicó que el motor número 2 fue apagado debido a una advertencia de fuego en el mismo aproximadamente un minuto antes del impacto, sugiriendo que el primer oficial seguía vivo e intentando pilotear la aeronave.
El MD-11, que volaba además en código compartido con la estadounidense Delta, se incendió en vuelo y se estrelló generando una desintegración total del mismo al suroeste del Aeropuerto Internacional de Halifax, en la entrada a la bahía de Santa Margarita, Nueva Escocia, Canadá, a las 22:31, a una velocidad de 555 kilómetros por hora y con una fuerza de 350G. El sitio del impacto estaba a 8 kilómetros mar adentro, apenas equidistante entre la pequeña comunidad pesquera y turística de Peggys Cove y Bayswater.
La tragedia fue la segunda más grave en la historia de Canadá, superada solo por la del vuelo 1285 de Arrow Air, en 1985, que se cobró 256 víctimas.
Las causas
La investigación arrojó que el fuego tuvo su inicio en un cable defectuoso perteneciente a las pantallas individuales del sistema de entretenimiento disponible en esa época para pasajeros de la clase ejecutiva, por lo que SwissAir retiró posteriormente esa plataforma de su flota. El cable provocó las chispas, pero aún faltaba descubrir qué fue lo que las ocasionó. Pronto se encontró la respuesta: los cables estaban cubiertos por un material inflamable y éste fue el combustible que alimentó el incendio. El fuego avanzó y fue cortando la energía de todos los componentes eléctricos del avión, incluyendo las cajas negras. Al final, todo dejó de funcionar y la aeronave MD-11 cayó al océano.
