Dentro del territorio paraguayo, existen vuelos domésticos que se prestan de manera comercial, así como servicios sociales ofrecidos por el estado, en ambos casos de forma regular, aunque con metodologías totalmente diferentes.
Las operaciones de pasajeros por parte de líneas aéreas privadas que parten desde el aeropuerto internacional Silvio Pettirossi que sirve al Gran Asunción, son cubiertas por las siguientes compañías aéreas y en los siguientes itinerarios.
Paranair
| De | A | Sale | Llega | Días |
| Asunción | Ciudad del Este | 6:00 | 6:40 | Lunes a Viernes |
| Asunción | Ciudad del Este | 16:30 | 17:10 | Lunes a Viernes |
| Ciudad del Este | Asunción | 7:10 | 7:50 | Lunes a Viernes |
| Ciudad del Este | Asunción | 17:40 | 18:20 | Lunes a Viernes |
La firma Paranair cuenta con una flota de cuatro aeronaves Bombardier CRJ-200 de 50 plazas, y desde ASU se puede conectar al resto de su red de destinos: Buenos Aires, Montevideo, Curitiba e Iquique. La ruta Asunción-Ciudad del Este-Asunción de Paranair funciona además en código compartido con Latam Airlines Paraguay.
Los tickets están en venta mediante website (de Paranair y de Latam) y agencias de viajes.
Sol del Paraguay
| De | A | Sale | Llega | Días |
| Asunción | Ciudad del Este | 7:30 | 8:30 | Lunes a Viernes |
| Ciudad del Este | Pedro Juan Caballero | 8:45 | 10:00 | Lunes y Viernes |
| Pedro Juan Caballero | Ciudad del Este | 14:30 | 15:45 | Lunes y Viernes |
| Ciudad del Este | Asunción | 16:00 | 17:00 | Lunes a Viernes |
| Asunción | Encarnación | 17:30 | 18:30 | Domingos a Viernes |
| Encarnación | Asunción | 6:00 | 7:00 | Lunes a Viernes |
| Encarnación | Asunción | 19:00 | 20:00 | Domingos |
Un avión monomotor Cessna 208B Grand Caravan de 12 asientos es el que dispone la empresa local Sol del Paraguay, y con él son hechos todos sus vuelos. Al igual que Paranair, los boletos se venden vía internet y agencias de viajes.
SETAM
El Servicio de Transporte Aéreo Militar (SETAM) es una unidad de la Fuerza Aérea Paraguaya (FAP), tiene base en el Grupo Aerotáctico (GAT) del aeropuerto Silvio Pettirossi, y desde 2014 conecta a la capital con comunidades aisladas del norte y chaco del país, de difícil acceso por tierra.
Todos los miércoles, a las 6:30 de la mañana, despega el Casa C-212 Aviocar de fabricación española con capacidad para 26 pasajeros, con destino a las ciudades de Concepción, Vallemí, Fuerte Olimpo y Bahía Negra. Los retornos se hacen con las mismas paradas y arriban a la terminal aérea de Luque alrededor de las 15:00.
Al tratarse de una dependencia del estado paraguayo, la operativa está sujeta a cuestiones presupuestarias; sin embargo, las frecuencias se llevan a cabo regularmente. Para adquirir los pasajes, que tienen un costo simbólico, los pasajeros pueden hacerlo únicamente vía telefónica, llamando al 0983 117 964.
